”参数比对软件“ 的搜索结果

     比对时，添加上这个参数，比对的结果文件会增加一个基于转录本比对的结果文件，直接上图 基于转录本比对的结果文件。其前缀是由转录本号+对应的长度组合而成。 相应的，比对结果文件中的信息也是对应转录本号以及...

     比对软件 来啦@-@，今天给大家分享一下几款小编常用的比对软件。 Bwa 适用范围：二代测序数据快速比对到genome上。 bwa作为序列比对界的模式软件，短小精悍，适用于多种场合，很有必要搞懂他内部的比对算法，最好也...

     相见恨晚，还好遇到了它 今天用BLASTX将我的转录本序列在UniProt蛋白数据库(700w条序列)中搜索，80个线程，过了1小时大概就分析1000条吧。实在是有点慢，于是我想到之前耳闻的DIAMOND，据说速度非常快，于是我测试...

     Samtools 是一组实用程序，用于操作 SAM（序列比对/映射）、BAM 和 CRAM 格式的比对。它在格式之间进行转换，进行排序、合并和索引，并且可以快速检索任何区域中的读取。被广泛应用在分析流程中。接下来小编就为大家...

     参考文章： 我的第一次ChIP-seq实践 bowtie2使用手册 老菜鸟终于开始进行CHIP-seq的学习啦，又是开始...2.Bowtie2软件软件的使用 1. 软件说明 bowtie2 --help Usage: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 &lt

     STAR下载地址https://github.com/alexdobin/STARSTAR的优势：1.快速2.推荐在RNAseq数据中...下载安装：tar -xzf 2.5.3a.tar.gzcd STAR-2.5.3amake STAR第一步build index：任何一款比对软件在比对前都需要对refer...

     转录组注释离不开Blast+，需要比对到NCBI nt nr等数据库。 1. 软件下载：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 如：ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz，解压后可用。 2. 使用 (1) 建立...

     一.文库类型转录组文库构建的时候，可以选择链特异性文库或非链特异性文库。链特异性文库，我们清楚的知道得到的 reads 跟转录本是同向的还是反向的。链特异性文库构建，有多种方法，最常用的就是基于 dUTP 的方法。...

     AlignMe是一个C ++程序，通过包含多个输入参数来比对远距离相关的膜蛋白。 基于置换矩阵，位置特定矩阵（PSSM），疏水性标度和任何类型的配置文件（膜预测，二级结构预测等）的比对。

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