Nextflow是一个用于构建和执行数据驱动工作流程的开源框架。它的设计目标是提供一种简单、灵活且可扩展的方式来处理科学计算和数据分析中的复杂工作流程。Nextflow 使用声明性的语法描述工作流程，使得用户能够更...
”Nextflow“ 的搜索结果
Nextflow是一个用于编写可扩展、可重复和可移植科学工作流的开源框架。它以简洁的DSL（领域特定语言）为基础，使研究人员和开发人员能够轻松地编写复杂的分析管道。它的主要目标是提供一个灵活且易于使用的工具，...
该存储库包含EMBL-ABR网络研讨会的信息，该网络研讨会由Rad Suchecki于2019年3月14日举行，主题为“ Nextflow：跨云和集群的可扩展，可共享和可再现的计算工作流”。 网络研讨会详细信息 摘要：大型分析工作流是软件...
Nextflow: 一个基于流程的并行计算工具 项目地址:https://gitcode.com/nextflow-io/nextflow Nextflow 是一个基于流程的并行计算工具，它提供了一种简单而强大的方法来编写和运行复杂的生物信息学和科学计算工作流。...
1 Nextflow入门
标签： Nextflow
NextFlow-基本概念
标签： 编程语言
Nextflow是一个反应式工作流框架和一个编程DSL ，可简化数据密集型计算管道的编写。 它是基于Linux平台是数据科学的通用语言这一思想而设计的。Linux提供了许多简单但功能强大的命令行和脚本工具，将它们链接在一起...
本课是Nextflow和nf-core的简介。 使用诸如Docker和Singularity之类的软件容器来实现可扩展且可重现的科学工作流程。 它允许改编以最常见的脚本语言（例如R和Python）编写的管道。 它具有一种特定于域的语言（DSL）...
为什么要使用Nextflow？ 更快的原型制作 Nextflow允许您通过简化许多不同的任务来编写计算管道。 您可以重用现有的脚本和工具，而无需学习新的语言或API即可开始使用它。 重现性 Nextflow支持Docker容器技术，并与...
Nextflow教程 该存储库包含的教程材料。 先决条件 Java 8或更高版本 Docker引擎1.10.x（或更高版本） 奇点2.3.x（可选） 设置AWS账户 登录节点中的SSH： ssh [email protected] 启动您的AWS实例 curl -L ...
nextflow run guigolab/grape-nf -with-docker 注意：第一次执行它时，将需要几分钟的时间从该GitHub存储库中下载管道，并需要执行管道所需的相关Docker映像。 管道软件 运行管道的首选方法是使用Docker或...
模组SAGC Nextflow管道中使用的Nextflow模块。编码准则这些指南改编自 。 有关使用以下准则的过程模板，请参见utils / template.nf。 使用此存储库的Tool / version / Command.nf文件夹结构。 使用原始工具版本编号...
Nextflow是一个生物信息学工作流管理器，可用于开发可移植和可复制的工作流。 它支持在各种执行平台上部署工作流，包括本地，HPC调度程序，AWS Batch，Google Cloud Life Sciences和Kubernetes。 此外，它通过对...
该管道使用Nextflow执行ATAC Seq 介绍 NCBI-Hackathons / ATACFlow：该管道使用Nextflow执行ATAC Seq 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker / ...
模数流Nextflow管道，用于从NCBI SRA下载和处理微生物RNA序列数据设置安装 检查的Java 8或更高版本安装使用： java -version 将nextflow下载到当前目录： curl -s https://get.nextflow.io | bash curl -s ...
Nxfvars：Nextflow的参数化笔记本Nxfvars使您可以轻松地从Nextflow进程参数化Jupyter笔记本，Rmarkdown笔记本或纯Python脚本。 可以在笔记本中直接使用在进程的脚本部分中可访问的所有变量。在Nextflow管道中使用...
使用IARC nextflow生物信息学管道课程2018 本课程的目的是使参与者能够使用nextflow使用IARC开发的生物信息学管道。 课程说明 学习目标完成本课程后，参与者将能够使用IARC nextflow生物信息学管道，更具体地说： ...
缩小用于小RNA序列处理的Nextflow DSL2管线
此存储库正在积极开发中。 语法，组织和布局如有更改，恕不另行通知！ 请联系我们的代码审阅者，每个模块提交一个请求：) 用于托管模块文件的存储库，文件包含特定于工具的过程定义及其相关文档。...
很棒的Nextflow 受其他列表启发的Nextflow管道的列表。 管道示例 蛋白质抗菌区域的自动预测 评估树最佳对齐的方法 使用Salmon定量RNA-seq数据的基本管道。 基本的RNA-seq管道 特色管道 使用秀丽隐杆线虫进行GWA...
nextflow数据处理实用工具 该存储库旨在提供可在Nextflow工作流程中使用的数据实用程序。 特别是在此时，它提供了包装Overture SONG / SCORE客户端以上传和下载文件及元数据的过程。 使用Nextflow的实验性DSL2，...
ResearchObject-Nextflow 该项目显示了将ResearchObject实施到Nextflow的结构和步骤。 所有工作都被编码到我的nextflow fork 的分支研究对象中。 要运行该示例，只需运行命令./launch.sh run nextflow-io/rnatoy -...
Nextflow 使用感言
intro_nextflow
标签： HTML
Nextflow简介该存储库从课程目录中生成相应的课程网站。 基于使用Snakemake的Carpentry 。 还使用了作为介绍的好例子。贡献我们欢迎您为改进本课程而做出的所有贡献！ 如果您在此过程中有任何疑问，疑虑或遇到任何...
CUTRUN_Nextflow 使用Nextflow构建的CUT＆RUN-seq分析管道。 短读修整和对齐过程基于以下论文： MACS2和可用于调用峰值。流程图用法$nextflow run khigashi1987/CUTRUN_Nextflow -r main --helpN E X T F L O W ~ ...
nf-core / deepvariant 深度变体作为Nextflow管道 用于运行Nextflow管道。什么是DeepVariant，为什么在Nextflow中使用？ Google Brain团队于2017年12月发布了基于DeepLearning：DeepVariant的 。 实际上，...
kaldi-offline-transcriber-nextflow 基于Nextflow的语音处理 用法 首先构建容器：docker build。 -t nextflow：最新 启动一个容器（名称为“ nextflow”）并将其置于后台（ -d ）。 另外，将本地目录~/tmp/...
简而言之Nextflow 用于数据分析管道的工作流引擎，其字符串集中在： 可移植性 重现性 可扩展性 易用性 如何？ 功能/React式编程模型 解耦和任务隔离 简洁的DSL，可重复执行任务 务实，允许快速原型制作和迭代 ...
nextflow_rnaseq_training_dataset 生成一个小的RNA-Seq训练数据集的步骤。数据集数据集从ArrayExpress 下载-描述实验设计标题：对线粒体代谢中不同类型压力的响应在酵母恒定状态下，以芽生酵母酿酒酵母...
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