TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍_tcgabiolinks 4.3r_茁壮小草的博客-程序员秘密

技术标签： TCGA

昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。

R包的下载

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R")
biocLite("TCGAbiolinks")

涉及的包很多，可能很久才能下载完，下载建议使用R，不要用Rstudio，效果更好。

可下载的数据

这里请参考TCGA2STAT对数据的介绍。TCGAbiolinks包的最新文档http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/TCGAbiolinks/man/TCGAbiolinks.pdf ，对下载数据做了介绍，还有涉及到不同的平台，下载什么样的数据。

一个案例

query <- GDCquery(project = "TCGA-ACC",data.category = "Copy Number Variation",data.type = "Copy Number Segment")

GDCdownload(query)

query.met <- GDCquery(project = "TCGA-GBM",legacy = TRUE,data.category = "DNA methylation",platform = "Illumina Human Methylation 450")

GDCdownload(query)

具体的情况，请多做实验来验证。

本文链接：https://blog.csdn.net/xxzhangx/article/details/52819785

原作者删帖不实内容删帖广告或垃圾文章投诉

智能推荐

oracle 查看建表DDL语句_csqm87956的博客-程序员秘密

1、获得单个表和索引DDL语句的方法：set heading off;　set echo off;Set pages 999;　set long 90000;　spool get_TABLE_ddl.s...

一个好玩的东西，纯JS代码实现增强现实（AR.js）_jackTesla的博客-程序员秘密

增强现实技术（Augmented Reality，简称 AR），是一种实时地计算摄影机影像的位置及角度并加上相应图像、视频、3D模型的技术，这种技术的目标是在屏幕上把虚拟世界套在现实世界并进行互动。这种技术1990年提出。随着随身电子产品CPU运算能力的提升，预期增强现实的用途将会越来越广。---先体验首先在手机浏览器里打开这个demo应用[http://jacktesla...

Large-scale Point Cloud Semantic Segmentation with Superpoint Graphs解析_superpoint graph代码解读_albert199199的博客-程序员秘密

Large-scale Point Cloud Semantic Segmentation with Superpoint GraphsKey points:非监督的超点超点图 dataset：S3DIS

CAE-Classify 利用cae进行特征提取后分类_在路上的McCoff的博客-程序员秘密

1.概述参考论文：Surface defect classification of steels with a new semi-supervised learning method上述论文的基本思路是：1.构建一个cae模型，该模型的结构如下图所示。其最主要的特点在于在encoder层的最后输出处有一个passthrough ayer，该层通过将相邻的特征堆叠到不同的特征图通道中，pas...

带你玩转Visual Studio（八）——带你跳出坑爹的Runtime Library坑_c++ vs 开发避坑_ooMelloo的博客-程序员秘密

在Windows下进行C++的开发，不可避免的要与Windows的底层库进行交互，然而VS下的一项设置MT、MTd、MD和MDd却经常让人搞迷糊，相信不少人都被他坑过，特别是你工程使用了很多第三库的时候，及容易出现各种链接问题。看一下下面这个错误提示： LIBCMT.lib(_file.obj) : error LNK2005: ___initstdio already defined in...

Qt在GUI程序里显示控制台界面_guoxiaoqian8028的博客-程序员秘密

在GUI程序里有时我们想简单的打印些信息来进行测试，然而因为不是控制台程序，所以不能直接通过控制台输出，要实现这点就要做一下两点：1：在.pro文件中加入一句: CONFIG+= console2：在运行设置里勾选在终端运行的选项注：如果只做了第一点，那么信息会显示在” 应用程序输出“窗口，也可以用来查看测试结果。