技术标签: DGL
图 G=(V,E)是用于表示实体及其关系的结构。它由两部分组成-节点集合VV(也称为顶点)和一组边 E(也称为弧)。(u,v)∈E 连接一对节点 u 和 v表示它们之间存在关系。该关系可以是无向的,例如捕获节点之间的对称关系,也可以是有向的,捕获非对称关系。例如,如果使用图形对社交网络中人们的友谊关系进行建模,则由于友谊是相互的,因此边缘将是无方向的。但是,如果使用该图来模拟人们在Twitter上的彼此跟随的方式,那么将引导边缘。根据边缘的方向性,图可以是有向的或无向的。
图可以加权或不加权。在加权图中,每个边都与标量权重相关联。例如,这种权重可能代表长度或连接强度。
图也可以是同质或异质的。在同质图中,所有节点表示相同类型的实例,所有边均表示相同类型的关系。例如,社交网络是由人及其联系组成的图,代表相同的实体类型。
相反,在异构图中,节点和边可以具有不同的类型。例如,编码市场的图形将具有通过要购,已购买,是客户和销售边缘相连的买方,卖方和产品节点。二部图是一种特殊的常用类型的异构图,其中边存在于两种不同类型的节点之间。例如,在推荐系统中,可以使用二部图来表示用户和项目之间的交互。有关在DGL中使用异构图的信息,请参见1.5异构图。
多图是在同一对节点(包括自环)之间可以具有多个(有向)边的图。例如,两位作者可以在不同的年份共同撰写论文,从而导致边缘具有不同的特征。
DGL用称为其节点ID的唯一整数表示每个节点,并用对应于其端节点ID的一对整数表示每个边。DGL根据将其添加到图形的顺序,为每个边缘分配一个唯一的整数,称为其边缘ID。节点和边缘ID的编号从0开始。在DGL中,所有边缘都有方向,而边(u,v)指示方向从节点 u 到节点 v。
为了指定多个节点,DGL使用节点ID的一维整数张量(即PyTorch的张量,TensorFlow的Tensor或MXNet的ndarray)。DGL将此格式称为“节点张量”。要指定多个边,它使用节点张量的元组(U,V)。 (U[i],V[i]) 决定从 U[i]] 至 V[i]。
创建方法的一种方法DGLGraph
是使用dgl.graph()
方法,该方法将一组边作为输入。DGL还支持从其他数据源创建图形,请参见1.4从外部源创建图形。
以下代码段使用该dgl.graph()
方法来创建DGLGraph
与以下所示的四节点图相对应的图,并说明了用于查询图结构的一些API。
import dgl
import torch as th
# edges 0->1,0->2,0->3,1->3
u,v = th.tensor([0,0,0,1]),th.tensor([1,2,3,3])
g = dgl.graph((u,v))
print('图:\n',g)
print('节点:\n',g.nodes())
print('边:\n',g.edges())
print('边与节点:\n',g.edges(form='all'))
g = dgl.graph((u,v), num_nodes=8)
# print(g.edges(form='all'))
结果:
图:
Graph(num_nodes=4, num_edges=4,
ndata_schemes={}
edata_schemes={})
节点:
tensor([0, 1, 2, 3])
边:
(tensor([0, 0, 0, 1]), tensor([1, 2, 3, 3]))
边与节点:
(tensor([0, 0, 0, 1]), tensor([1, 2, 3, 3]), tensor([0, 1, 2, 3]))
对于无向图,需要为两个方向都创建边。dgl.to_bidirected()
在这种情况下会很有用,它将图形转换为一个新的带有两个方向的边的图形。
# 双边图
bg = dgl.to_bidirected(g)
print('无向图:\n',bg.edges())
结果:
无向图:
(tensor([0, 0, 0, 1, 1, 2, 3, 3]), tensor([1, 2, 3, 0, 3, 0, 0, 1]))
注意:在DGL API中,通常优选使用Tensor类型,因为它们在C中的有效内部存储以及显式数据类型和设备上下文信息。但是,大多数DGL API确实支持将python可迭代(例如list)或numpy.ndarray作为快速原型的参数。
DGL可以使用 32- 要么 64位整数,用于存储节点和边缘ID。节点和边缘ID的数据类型应该相同。通过使用646位,DGL最多可以处理图 2 63 − 1 2^{63}−1 263−1节点或边。但是,如果图形包含少于 2 31 − 1 2^{31}−1 231−1节点或边,应使用 32位整数,因为它可以提高速度,并需要较少的内存。DGL提供了进行此类转换的方法。请参阅下面的示例。
u,v = th.tensor([2,5,3]),th.tensor([3,5,0])
edges = (u,v)
# 默认int64
g64 = dgl.graph(edges)
print(g64.idtype)
# 创建int32
g32 = dgl.graph(edges,idtype=th.int32)
print(g32.idtype)
# int32转64
g64_2 = g32.long()
print(g64_2.idtype)
# int64转32
g32_2 = g64.int()
print(g32_2.idtype)
结果:
torch.int64
torch.int32
torch.int64
torch.int32
见的API: ,dgl.graph()
,dgl.DGLGraph.nodes()
,dgl.DGLGraph.edges()
,dgl.to_bidirected()
, dgl.DGLGraph.int()
,dgl.DGLGraph.long()
和dgl.DGLGraph.idtype
。
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