#武汉加油，浙江加油，中国加油！#
断断续续花了2个多月才把cesm2移植到centos6上，目前尚无cesm2完整的移植教程，在移植过程中也遇到了不少问题，所以在这里记录下，大致完整，但某些细节可能有疏漏。感谢gml师姐和程师姐@半音banyin的帮助，大家也可以参考她的帖子：https://blog.csdn.net/sinat_36831355/article/details/88144063
另外建议阅读cesm官方配置文档：https://escomp.github.io/CESM/release-cesm2/ 或者clm官方文档https://escomp.github.io/ctsm-docs/doc/build/html/users_guide/index.html

模式下载
#clm5.0下载：
$ git clone -b release-clm5.0 https://github.com/ESCOMP/ctsm.git clm5.0
$ ./manage_externals/checkout_externals
#cesm下载：
$ git clone -b release-cesm2.1.1 https://github.com/ESCOMP/CESM.git my_cesm_sandbox
$ cd my_cesm_sandbox
$ ./manage_externals/checkout_externals
注：国内的网checkout_externals可能会出错，可以挂vpn或者让国外的朋友帮忙下载

#第一部分：软件安装
需要安装的软件参考官网：https://escomp.github.io/CESM/release-cesm2/introduction.html#cesm2-software-operating-system-prerequisites 我主要写重要的软件，比如netcdf mpi esmf等的安装， perl5, antlr udunits bison 等小伙伴可以自行安装，官网下载源码编译即可。
注：有小伙伴用的董老师的starman一键安装，免去编译和依赖包的配置（https://github.com/dongli/starman），我也试过，但是感觉效果不好，见仁见智。
c和fortran编译器，我用的是gnu编译器，用intel或者pgi都可以。推荐gcc8.2以上：
./configure prefix=/usr/local/src/gcc-8.3.0 --enable-checking=release --enable-languages=c,c++,go,fortran,obj-c++ --disable-multilib （一定要enable fortran）
make&make check&make install

#mpich-3.3.1
参照：https://blog.csdn.net/gg2496499769/article/details/75208604，也可以装openmpi，版本不用太高。

NETCDF系列，cesm2需要netcdf4.3以上，此时netcdf分为netcdf-c和netcdf-fortran，需要分开装，如果用了pnetcdf，则需要先安装pnetcdf，
并且安装顺序为zlib-- hdf5 --netcdf-c – netcdf-fortran 这个顺序不能变，否则就会安装错误。
#zlib-1.2.11
./configure –prefix=/usr/local/zlib
make&make install
安装hdf5 netcdf还有pnetcdf前需要将编译器设置为mpicc：
export CC=mpicc
export CXX=mpicxx
export FC=mpif90
export F77=mpif90
#hdf5-1.8.20
./configure --prefix=/home/shenhf/majun/setup/hdf5-1.8.20 --with-zlib=/usr/local/zlib --enable-fortran --enable-fortran2003 -enable-parallel --with-pic
make&make install
#pnetcdf-1.12.0
./configure --prefix=/home/shenhf/majun/setup/pnetcdf-1.12.0
make &make check
make install
# NetCDF-C 4.6.2
CPPFLAGS="-I/home/shenhf/majun/setup/hdf5-1.8.20 /include -I/home/shenhf/majun/setup/pnetcdf-1.12.0/include" LDFLAGS="-L/home/shenhf/majun/setup/hdf5-1.8.20/lib -L/home/shenhf/majun/setup/pnetcdf-1.12.0/lib“ ./configure -prefix=/home/shenhf/majun/setup/netcdf --enable-pnetcdf --disable-shared
# NetCDF-Fortran 4.5.2
CPPFLAGS="-I/home/shenhf/majun/setup/netcdf/include -I/home/shenhf/majun/setup/hdf5-1.8.20/include -I/home/shenhf/majun/setup/pnetcdf-1.12.0/include" LDFLAGS="-L/home/shenhf/majun/setup/netcdf/lib -L/home/shenhf/majun/setup/hdf5-1.8.20/lib -L/home/shenhf/majun/setup/pnetcdf-1.12.0/lib“ ./configure --prefix=/home/shenhf/majun/setup/netcdf --enable-pnetcdf --disable-shared
最后用 nc-config --all 和 nf-config --all 检查是否安装完成，nf-config --all显示如下便是成功了：
This netCDF-Fortran 4.5.2 has been built with the following features:
–cc -> mpicc
–cflags -> -I/home/shenhf/majun/setup/netcdf/include -I/home/shenhf/majun/setup/hdf5-1.8.20/include -I/home/shenhf/majun/setup/netcdf/include -I/home/shenhf/majun/setup/pnetcdf-1.12.0/include
–fc -> mpif90
–fflags -> -I/home/shenhf/majun/setup/netcdf/include
–flibs -> -L/home/shenhf/majun/setup/netcdf/lib -lnetcdff -L/home/shenhf/majun/setup/hdf5-1.8.20/lib -L/home/shenhf/majun/setup/netcdf/lib -L/home/shenhf/majun/setup/pnetcdf-1.12.0/lib -lnetcdf -lnetcdf -lm
–has-f90 ->
–has-f03 -> yes
–has-nc2 -> yes
–has-nc4 -> yes
–prefix -> /home/shenhf/majun/setup/netcdf
–includedir-> /home/shenhf/majun/setup/netcdf/include
–version -> netCDF-Fortran 4.5.2

.#git-2.21.0
官网下载源码正常编译安装，安装后配置ssh参考：
https://www.cnblogs.com/nickchou/p/10931495.html

** #svn-1.8.9(高于1.8但是低于1.11)**
svn安装方式参照这里：https://blog.csdn.net/qq_23167527/article/details/80182317
难点在于依赖包的安装，比如apr,apr-util,serf,openssl,expat-devel，sqlite等，如果是redhat系统可以用sudo yum install +软件名 安装，如果是debian系统可以用sudo apt-get +软件名 来安装。

#python-2.7.17
./configure --prefix=/home/shenhf/majun/setup/python-2.7.17
make&make check
make install

#lapack 和blas
参照：https://blog.csdn.net/baiyang3/article/details/52790793
single-point会用到，所以lapack需要装。

TIP：软件安装完后需要vi ~/.bashrc 在里面添加软件的bin include（manpath），将其加入到环境变量中，或者用echo ‘export PATH= 路径:$ PATH’ >>~/.bashrc, 示例如下所示：

#esmf
现在环境变量里面定义：

然后./configure --prefix=/home/shenhf/majun/setup/esmf-install
make&make install, 最后出现ESMF installation complete 说明安装完成
注意：源码位置（$ esmf）和$安装的位置（ $ esmf-install）一定要处在同一个文件夹下面，否则安装会出错。

#第二部分：模型配置
主要需要修改config_machines.xml config_compliers.xml 和config_batch.xml 这三个文件，位于：
cd $clm5.0/cime/config/cesm/machines
config_machines.xml
要注意：1.标签要检查是否闭合 2. DIN_LOC_ROOT DIN_LOC_ROOT_CLMFORC DOUT_S_ROOT BASELINE_ROOT CCSM_CPRNC里面的路径的文件夹要提早创建
3.make这里推荐make 别用gmake或者cmake
其他根据自己的machine设置

config_compliers.xml

注意：SLIBS一定要加，这是让你的编译器能够识别netcdf hdf5 zlib lapack 还有lbas的lib路径。

config_batch.xml
我没有用作业系统，所以写的是none，如果有作业系统，建议参照config_batch.xml 的默认设置进行配置, 还有参照cesm2或者clm5.0的官方配置文档：https://escomp.github.io/CESM/release-cesm2/ 或者https://escomp.github.io/ctsm-docs/doc/build/html/users_guide/index.html

#第三部分：模型运行
模型运行分为四部分：
(1) #create a new case
cd $clm5.0/cime/scripts
./create_newcase --case4 --res f19_g16 --compset I1850CLM50 --mach majun --run-unsupported
(2) #invoke case.setup
cd $clm5.0/cime/scripts/case4
./case.setup
(3)build the executable
./case.build --skip-provenance-check
这一步如果缺少inputdata，自带的check inputdata脚本会自动下载inputdata数据，如果这一步显示case build successfully:
此时会有 $output/bld/cesm.exe 这个可执行文件出现，那么这个模型就基本移植成功了。
最后一步是case run, 在case run前,可以vi env_run.xml,修改模式运行的起始时间，运行步长等，示例如下：

(4)submit your run to the batch queue
./case.submit

总结：
主要是软件安装和三个文件的配置问题，需要具备基础的linux系统操作知识，问题主要集中在以下几个方面：

1. xml语法问题，路径错误，标签不闭合等
2. 软件安装错误，版本错误
3. lib slib CPPFLAGS等设置错误
4. linux系统错误或者权限错误