落谷 P1140 相似基因_家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了 444 种核苷酸,简记作 a,c,g,ta,c-程序员宅基地

技术标签：动态规划

题目背景

大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸，简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。

在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。

题目描述

两个基因的相似度的计算方法如下：

对于两个已知基因，例如AGTGATG和GTTAG，将它们的碱基互相对应。当然，中间可以加入一些空碱基-，例如：

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述，碱基之间的相似度如下表所示：

那么相似度就是：(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一，例如又有：

相似度为：(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中，相似度最大的那个。

输入输出格式

输入格式：
共两行。每行首先是一个整数，表示基因的长度；隔一个空格后是一个基因序列，序列中只含A,C,G,T四个字母。1<=序列的长度<=100。

输出格式：
仅一行，即输入基因的相似度。

输入输出样例

输入样例#1：
7 AGTGATG
5 GTTAG
输出样例#1：
14

状态转移方程：f[i,j]:=max(f[i-1,j]+—,f[i,j-1]+—,f[i-1,j-1]+—);
整体来看类似于最长公共子序列

program df;
var i,j,n,m,y,z,k,t:longint;
x:char;
a,b:array[0..10000] of longint;
f,g:array[0..100,0..100] of longint;
function fan(x:char):longint;
begin
if x=’A’ then exit(1)
else
if x=’C’ then exit(2)
else
if x=’G’ then exit(3)
else
if x=’T’ then exit(4);
end;
procedure init;
var i,j:longint;
begin
for i:=1 to 4 do
g[i,i]:=5;
g[2,1]:=-1; g[1,2]:=-1;
g[3,1]:=-2; g[1,3]:=-2;
g[3,2]:=-3; g[2,3]:=-3;
g[4,1]:=-1; g[1,4]:=-1;
g[4,2]:=-2; g[2,4]:=-2;
g[4,3]:=-2; g[3,4]:=-2;
g[5,1]:=-3; g[1,5]:=-3;
g[5,2]:=-4; g[2,5]:=-4;
g[5,3]:=-2; g[3,5]:=-2;
g[5,4]:=-1; g[4,5]:=-1;
end;

function max(x,y:longint):longint;
begin
if x>y then exit(x)
else exit(y);
end;

begin
init;
read(n);
read(x);
for i:=1 to n do
begin
read(x);
a[i]:=fan(x);
end;
readln;
read(m);
read(x);
for i:=1 to m do
begin
read(x);
b[i]:=fan(x);
end;

for i:=1 to n do
f[i,0]:=f[i-1,0]+g[a[i],5];
for i:=1 to m do
f[0,i]:=f[0,i-1]+g[b[i],5]; //两列中前多少个碱基联的是空键
（例如 A A A A A C）
（ - - - - - C）

for i:=1 to n do
for j:=1 to m do
begin
f[i,j]:=max(f[i-1,j]+g[a[i],5],f[i,j-1]+g[b[j],5]);
f[i,j]:=max(f[i,j],f[i-1,j-1]+g[a[i],b[j]]);
end;
writeln(f[n,m]);
end.

本文链接：https://blog.csdn.net/Jackleg/article/details/57126023

原作者删帖不实内容删帖广告或垃圾文章投诉

智能推荐

c# 调用c++ lib静态库_c#调用lib-程序员宅基地

文章浏览阅读2w次，点赞7次，收藏51次。四个步骤1.创建C++ Win32项目动态库dll 2.在Win32项目动态库中添加外部依赖项 lib头文件和lib库3.导出C接口4.c#调用c++动态库开始你的表演...①创建一个空白的解决方案，在解决方案中添加 Visual C++ , Win32 项目空白解决方案的创建：添加Visual C++ , Win32 项目这......_c#调用lib

deepin/ubuntu安装苹方字体-程序员宅基地

文章浏览阅读4.6k次。苹方字体是苹果系统上的黑体，挺好看的。注重颜值的网站都会使用，例如知乎：font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, Helvetica Neue, PingFang SC, Microsoft YaHei, Source Han Sans SC, Noto Sans CJK SC, W..._ubuntu pingfang

html表单常见操作汇总_html表单的处理程序有那些-程序员宅基地

文章浏览阅读159次。表单表单概述表单标签表单域按钮控件demo表单标签表单标签基本语法结构<form action="处理数据程序的url地址“ method=”get|post“ name="表单名称”></form><!--method将表单中的数据传送给服务器处理，get方式直接显示在url地址中，数据可以被缓存，且长度有限制；而post方式数据隐藏传输，_html表单的处理程序有那些

PHP设置谷歌验证器（Google Authenticator）实现操作二步验证_php otp 验证器-程序员宅基地

文章浏览阅读1.2k次。使用说明:开启Google的登陆二步验证（即Google Authenticator服务）后用户登陆时需要输入额外由手机客户端生成的一次性密码。实现Google Authenticator功能需要服务器端和客户端的支持。服务器端负责密钥的生成、验证一次性密码是否正确。客户端记录密钥后生成一次性密码。下载谷歌验证类库文件放到项目合适位置(我这边放在项目Vender下面)https://github.com/PHPGangsta/GoogleAuthenticatorPHP代码示例://引入谷_php otp 验证器

【Python】matplotlib.plot画图横坐标混乱及间隔处理_matplotlib更改横轴间距-程序员宅基地

文章浏览阅读4.3k次，点赞5次，收藏11次。matplotlib.plot画图横坐标混乱及间隔处理_matplotlib更改横轴间距

docker — 容器存储_docker 保存容器-程序员宅基地

文章浏览阅读2.2k次。①Storage driver 处理各镜像层及容器层的处理细节，实现了多层数据的堆叠，为用户提供了多层数据合并后的统一视图②所有 Storage driver 都使用可堆叠图像层和写时复制（CoW）策略③docker info 命令可查看当系统上的 storage driver主要用于测试目的，不建议用于生成环境。_docker 保存容器

随便推点

网络拓扑结构_网络拓扑csdn-程序员宅基地

文章浏览阅读834次，点赞27次，收藏13次。网络拓扑结构是指计算机网络中各组件（如计算机、服务器、打印机、路由器、交换机等设备）及其连接线路在物理布局或逻辑构型上的排列形式。这种布局不仅描述了设备间的实际物理连接方式，也决定了数据在网络中流动的路径和方式。不同的网络拓扑结构影响着网络的性能、可靠性、可扩展性及管理维护的难易程度。_网络拓扑csdn

JS重写Date函数，兼容IOS系统_date.prototype 将所有 ios-程序员宅基地

文章浏览阅读1.8k次，点赞5次，收藏8次。IOS系统Date的坑要创建一个指定时间的new Date对象时，通常的做法是：new Date("2020-09-21 11:11:00")这行代码在 PC 端和安卓端都是正常的，而在 iOS 端则会提示 Invalid Date 无效日期。在IOS年月日中间的横岗许换成斜杠，也就是new Date("2020/09/21 11:11:00")通常为了兼容IOS的这个坑，需要做一些额外的特殊处理，笔者在开发的时候经常会忘了兼容IOS系统。所以就想试着重写Date函数，一劳永逸，避免每次ne_date.prototype 将所有 ios